인간에게 있어 발효란 유용한 유기물을 얻는 과정이지만, 미생물은 발효과정 자체가 목적이 아니라 생육을 위한 어쩔 수 없는 선택인 경우가 대부분이다.
사람은 산소공급이 없으면 죽지만 일부 미생물들은 발효라는 과정을 거쳐 무산소 환경에서 생존을하며, 자신들이 원하는 산물을 만드는 과정이 아니라 생육하기 위한 과정에서 생성된 부산물이 인간에게 유익한 것이다.
예을들면 알코올 발효와 젖산발효를 들 수 있으며, 효모균은 자신이 발효과정을 거쳐 만든 알코올의 양이 많아질 경우 사멸하게 되며 젖산은 젖산균의 생장을 억제한다.